Procurorul general Ilie Botos s-a aratat nemultumit de modul de lucru al procurorului Viorica Stoica, ceea ce l-a determinat sa o inlocuiasca de la instrumentarea dosarului in care Alianta D.A. PNL-PD a sesizat fraudarea alegerilor din 2004.
Modul de lucru al procurorului Viorica Stoica in dosarul privind plangerea Aliantei PNL-PD fata de membrii fostului BEC a constituit motivul inlocuirii acestuia, procurorul general al Romaniei, Ilie Botos, precizand ca legea ii permite sa recurga la o astfel de masura. Botos a declarat ca, din discutiile purtate cu anchetatorii Sectiei a 2-a de urmarire penala si criminalistica - cea care a verificat reclamatia Aliantei PNL-PD -, a reiesit ca procurorul Viorica Stoica a solicitat consilierului prezidential Renate Weber sa ii inlesneasca audierea presedintelui Traian Basescu, la Palatul Cotroceni. Ilie Botos a spus ca a contactat-o telefonic pe Renate Weber, care i-a confirmat demersul procurorului Stoica, precum si surprinderea atat a Domniei sale, cat si cea a presedintelui Traian Basescu fata de modul de lucru al anchetatorului. Astfel, apreciind drept neprofesional demersul procurorului de a interveni pe langa consilierul prezidential de a proceda la audierea sefului statului, Ilie Botos a solicitat conducerii Sectiei a 2-a „sa evalueze posibilitatea desemnarii altui procuror in cauza, pentru a inlatura orice suspiciune privind obiectivitatea anchetatorului“.
La 30 noiembrie 2004, Alianta D.A. PNL-PD a depus la Parchetul General o plangere penala formulata impotriva judecatorului Emil Ghergut - presedinte al Biroului Electoral. Alianta sustinea ca BEC a emis doua comunicate oficiale privind rezultatele partiale ale alegerilor prezidentiale si parlamentare, care contineau date false si contradictorii.
Procurorul Viorica Stoica il acuza pe Ilie Botos de musamalizarea Dosarului „Fraudarea Alegerilor“. Ea povesteste cum seful ei, Ilie Botos, s-a suparat ca si-a permis sa-l citeze pe presedintele Basescu.
In baza procedurilor, procuroarea a facut demersuri pentru a-l audia pe presedinte, de altfel unul dintre cei care formulasera plangerea. In cele din urma, dosarul a ajuns la procurorul Lucian Doxan, care l-a inchis.