Theodor Stolojan s-a retras de la sefia PNL si din cursa pentru alegerile prezidentiale la 2 octombrie 2004 invocand motive de sanatate, intr-o atmosfera emotionanta, subliniata de lacrimile lui Traian Basescu, in acel moment copresedinte al Aliantei D.A. si sef de campanie al liderului liberal.
Stolojan i-a delegat atributiile de presedinte al partidului vicepresedintelui Calin Popescu-Tariceanu, care devenea si copresedinte al Aliantei D.A. Stolojan a facut anuntul care a cazut ca o bomba in viata politica romaneasca printr-un discurs emotionant, secondat de Basescu, ale carui hohote de plans au pigmentat atmosfera.
La 4 octombrie, membrii Delegatiei Permanente a PNL voteaza o rezolutie care prevede desemnarea lui Traian Basescu drept candidat la Presedintia Romaniei din partea Aliantei Dreptate si Adevar.
Documentul a fost adoptat cu sapte voturi impotriva si cinci abtineri, printre cei care s-au opus numarandu-se si fostul vicepresedinte liberal, Dinu Patriciu. La 5 octombrie, fostul lider al PNL, Valeriu Stoica - autorul proiectului realizarii Aliantei PNL-PD si cel care l-a propulsat pe Theodor Stolojan la sefia partidului in 2002 - sustine ca schimbarea candidatului Aliantei D.A. la Presedintie este doar consecinta deciziei lui Stolojan si nu un plan.
Theodor Stolojan devenise membru PNL in iulie 2000. In perioada 2000-2002 a fost presedinte al Consiliului National al formatiunii liberale, iar in august 2002 a fost ales presedinte al PNL. El a fost candidat la Presedintie in alegerile din 2000. Apoi a devenit candidatul Aliantei PNL-PD la prezidentialele din 2004 prin decizia Consiliului National al PD din 13 decembrie 2003 si a Delegatiei Reprezentantilor Nationali a PNL din 5 februarie.
De asemenea, Stolojan a fost ministru de Finante in Guvernul Roman, in 1991, iar in perioada 1991-1992 a detinut functia de prim-ministru.
Dupa retragerea din cursa pentru Cotroceni, Stolojan s-a retras si din viata publica, iar din decembrie 2004 este consilier pe probleme economice al presedintelui Traian Basescu, ramanand membru al PNL. Interimatul lui Tariceanu la sefia PNL a durat pana in ianuarie 2005, cand a fost confirmat in functie prin votul participantilor la Congresul partidului.